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安徽医科大学附属巢湖医院坐落在美丽的巢湖之滨，前身是中国人民解放军皖南军区陆军医院，1951年9月成立于芜湖市。1952年6月，奉命迁移至肥西张新圩，同年8月集体转业并移交省卫生厅，更名为安徽省第四康复医院。1954年3月迁到巢湖市现址。1960年7月，更名为安徽省立巢湖医院。1969年，医院下放巢湖地区，更名为巢湖地区人民医院。
2000年，巢湖撤地设市，医院更名为巢湖市第一人民医院。2005年成为安徽医科大学第六临床学院。2006年3月被评为三级甲等医院。2010年成为安徽医科大学非直属附属医院。2012年12月，经省人民政府批准，医院移交安徽医科大学管理，更名为安徽医科大学附属巢湖医院。2014年9月，安徽医科大学实行临床学院与附属医院“院院合一”，医院同时为“安徽医科大学巢湖临床医学院”,学院下设精神医学系、全科医学系、医学心理学系三个学科系。2015年4月，医院成为17家省管医院之一。
2017年7月，安徽省卫计委将“安徽省精神医学中心”挂靠在安徽医科大学附属巢湖医院。经过69年的建设和发展，已成为一家集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等功能为一体的三级甲等省管综合性医院。
医院占地面积16万平方米，业务用房面积11.8万平方米。现有编制床位880张，开放床位1336张，临床科室38个，医技科室13个，教研室38个。年门诊量近90万人次，年收治住院病人5.3万人次。全院在岗员工1581人，拥有高级职称160人（其中主任医师35人），中级职称438人。医院现有博士生导师7名，硕士生导师49名。